Những cộng đồng tôn giáo chính trông nom nhà thờ này là Chính Thống giáo Đông phương, Chính Thống giáo Armenia và Giáo hội Công giáo Rôma, trong đó Chính Thống giáo Đông phương có phần lớn nhất. Trong thế kỷ 19, Giáo hội Chính thống Coptic, Giáo hội Chính thống Ethiopia và Giáo hội Chính thống Syria cũng được tham gia với trách nhiệm ít hơn, trong đó có các nơi Thánh thiêng cùng những cấu trúc bên trong và chung quanh nhà thờ này. Thời gian và các nơi thờ phượng dành cho mỗi cộng đồng được điều chỉnh chặt chẽ ở các khu vực chung.

Việc thiết lập "nguyên trạng" năm 1853 cũng không làm ngưng được bạo hành, vẫn thường tiếp tục xảy ra, ngay cả trong thời hiện đại. Trong một ngày mùa hè nóng bức năm 2002, một tu sĩ giáo hội Chính Thống Coptic đã di chuyển chiếc ghế của mình từ vị trí đã thỏa thuận vào trong bóng râm. Việc này được các tu sĩ Chính Thống giáo Ethiopian coi như thái độ thù địch, dẫn tới đánh lộn khiến 11 người phải nhập viện.[38]

Trong một vụ va chạm khác vào năm 2004 trong khi giáo hội Chính Thống giáo đang cử hành "Lễ suy tôn Thánh giá" thì một cửa ở nhà nguyện của dòng Phanxicô (Công giáo) vẫn mở. Điều này được bên Chính Thống giáo coi như không tôn trọng họ, nên đã nổ ra vụ ẩu đả khiến vài người bị bắt, nhưng không ai bị thương nặng.[39]

Ngày Chúa nhật Lễ Lá, trong tháng 4 năm 2008, một cuộc cãi lộn đã nổ ra khi một tu sĩ Hy Lạp bị một phe đối lập tống ra khỏi tòa nhà. Cảnh sát đã được gọi tới nhưng cũng bị những người hăng máu đang cãi lộn tấn công luôn.[40] Một cuộc va chạm giữa các tu sĩ Armenia và Hy Lạp cũng đã nổ ra trong ngày chúa nhật 9.11.2008, trong khi cử hành Lễ kính Thánh Giá.[41][42]

Theo thỏa thuận nguyên trạng (status quo), không phần chung nào của nhà thờ được bố trí lại nếu không có sự đồng thuận của tất cả các cộng đồng tôn giáo nói trên. Điều này thường dẫn tới tình trạng bỏ bê không sửa chữa kịp thời các hư hại khi các cộng đồng nói trên không thỏa hiệp được với nhau. Điển hình là tình trạng chậm trễ trong việc tu sửa edicule (gian phòng nhỏ chứa mộ Chúa), khiến cho nhu cầu sửa chữa nơi này hiện nay trở nên cấp thiết.

Một ví dụ bất tiện khác về thỏa thuận giữ nguyên trạng là một chiếc thang bằng gỗ dưới cửa sổ bên ngoài lan can trên lối vào nhà thờ: một người nào đó đã đặt chiếc thang này ở đây trước năm 1852, mà theo thỏa thuận giữ nguyên trạng thì nơi đây là phần chung, nên chiếc thang vẫn nằm y nguyên ở vị trí này cho tới ngày nay, không ai được đụng vào.[43][44]

Không cộng đoàn nào kiểm soát lối vào chính. Năm 1192, Saladin phân công việc kiểm soát cửa vào nhà thờ cho hai gia đình người Hồi giáo lân cận. Gia tộc Joudeh Al-Goudia được giao phó nhiệm vụ giữ các chìa khóa của nhà thờ, còn gia tộc Nusseibeh phụ trách giữ cửa. Biện pháp bố trí này còn tồn tại tới ngày nay. Gia đình Joudeh Al-Goudia nắm giữ các tài liệu của các vua Hồi giáo Ottoman cai trị Jerusalem xác định họ là gia đình duy nhất được trao phó các chìa khóa của nhà thờ.